Il Comitato scientifico cura la direzione scientifica delle attività della Fondazione (ricerche, corsi, seminari, convegni, pubblicazioni, ecc.), propone al Consiglio di amministrazione le materie di ricerca su cui assegnare le borse di studio e di ricerca, dirige l'attività di studio dei borsisti e ricercatori.  

Alle riunioni del Comitato scientifico partecipano di diritto i responsabili dei settori di lavoro della Fondazione, e possono prendervi parte i membri del Consiglio di amministrazione. La carica di membro dura tre anni ed è rinnovabile.

Il Comitato è attualmente composto da:

• Direttore scientifico: Giacomo Marramao
• Condirettori scientifici: Luigi Ferrajoli, Mariuccia Salvati
• Consiglieri: Angiolina Arru, Franco Bianco, Angelo Bolaffi, Francesca Brezzi, Giuseppe Bronzini, Francesco Carchedi, Pietro Clemente, Carlo Donolo, Ester Fano, Pino Ferraris, Franco Ippolito, Raniero La Valle, Massimo Loche, Mario Manieri Elia, Claudio Pavone, Enrico Pugliese, Pietro Rescigno, Eligio Resta, Barbara Terenzi Calamai.
• Segretario del Comitato scientifico: Giancarlo Monina
• Segreteria generale: Lucia Zannino
• Responsabile sezione internazionale: Linda Bimbi
• Responsabile sezione studi e ricerche: Gabriella Bonacchi
• Responsabile biblioteca: Marta De Paolis