Il Consiglio di amministrazione adotta le deliberazioni necessarie per l'amministrazione e per il funzionamento della Fondazione; ne determina le attività scientifiche, nel quadro degli indirizzi indicati dall'Assemblea dei garanti e delle linee espresse dal Comitato scientifico, tenuto conto delle compatibilità di bilancio; designa inoltre una parte dei membri del Comitato scientifico. Si riunisce almeno due volte l'anno.

Per i membri non vitalizi la durata della carica è di tre anni ed è rinnovabile.

Il Consiglio è attualmente composto da:

• Presidente: Elena Paciotti
• Presidente onorario: Linda Bimbi 
• Consiglieri a vita: Anna Basso, Carlo Basso, Piero Basso, Sofia Basso, Francesco Micheli
• Consiglieri eletti: Franco Bassanini, Luciana Castellina, Lorenzo Pallesi, Sergio Poeta, Stefano Rodotà, Roberto Schiattarella, Gianni Tognoni, Fausto Tortora, Lucia Zannino