Le motivazioni delle iniziative di ricerca in questo ambito nascono dalla convinzione che le vicende della scienza italiana nel Novecento devono essere ancora indagate a fondo. Esse coincidono con la storia della scienza italiana come fenomeno unitario e nazionale. Ma i rapporti fra scienziati, Stato e politica non sono sempre stati univoci o caratterizzati dalla stessa intensità. Una forte cesura è sicuramente rappresentata dalle leggi razziali del 1938. Anche in questo caso il ruolo degli scienziati, lungi dal presentarsi come una realtà omogenea, è stato spesso frastagliato e conflittuale, quando non decisamente complice con l'ideologia espressa da quei provvedimenti.

- Dopo la conclusione del lavoro su Scienza e istituzioni nell'Italia del Novecento, dalla fine del 2001 la Fondazione ha avviato un altro progetto di ricerca dal titolo Il governo della salute: il discorso pubblico su igiene e sanità nell'Italia repubblicana. L’intento di questo lavoro è quello di ricostruire l'evoluzione delle strategie governative nel campo della sanità: come si è passati dall'igiene come problema di ordine pubblico - e in quanto tale delegato a una sezione del Ministero degli Interni - al concetto di salute come bene individuale da salvaguardare con mezzi pubblici. Al fine di studiare questa trasformazione, fonte privilegiata è la documentazione conservata dalle più importanti istituzioni coinvolte da questa dinamica, come, ad esempio, le carte, finora poco consultate, dei Ministeri degli Interni, della Sanità e di Grazia e giustizia, nonché dell'Istituto superiore di Sanità. Altra fonte importante  sono gli incartamenti giudiziari, una spia fondamentale per verificare il rapporto tra parole d'ordine dei governanti e bisogni dei governati. Responsabile della ricerca: Amedeo Santosuosso.

Entrambe le ricerche hanno ricevuto un contributo finanziario del Miur e sono seguite per la Fondazione da G. Bonacchi.